検査に使用する装置の磁場強度や造影剤の使用、検査結果の報告、検査環境によって費用が変わってきます。
3テスラ以上の機器による場合：16,000円、1.5テスラ以上3テスラ未満の装置による場合：13,300円、1.5テスラ未満の場合：9,200円です。
それに造影剤を使用する場合：2,500円。読影料：4,500円、放射線画像診断専門医が診断し管理をしていれば700円、もしくは施設が充実し放射線画像診断が翌診療日までに8割の画像診断をしていれば管理料として1800円。心臓のMRIの場合は：3,000円が加わります。したがって13,700円～28,500円程度になります。
その他、注射器などの医療材料を使用すればその分が費用に加算されます。これらの費用の合算に保険による補助があって、その差額が負担額になります。詳細で高度な検査を実施するほど費用は高額になります。