電離放射線を使いませんので放射線被ばくはありませんが、狭い空間に20～40分静止していただく必要がありますし、磁石による吸引や電波（ラジオ波）による火傷、傾斜磁場による神経刺激、コイルの歪による騒音など、人体に傷害を与える危険性があります。しかしながら、臨床現場ではこれらを適正に管理することでリスクを最小限に抑えています。
造影剤を使用する場合には、まれに副作用（悪心,アレルギー,嘔吐,腎機能低下など）が出る場合があります。常に細心の注意を払って検査を実施するとともに、もし起こったとしても万全の体制を整えていますので安心してください。以前に造影剤で副作用を起こしたことがある場合や、食物などにアレルギーをお持ちの場合は必ず検査依頼時に主治医に申し出てください。